La Iglesia Cristiana Familia Emanuel está comprometida con la consolidación de las familias integrales bajo los principios de la Palabra de Dios, para lo cual la congregación cuenta con diferentes departamentos que contribuyen con el desarrollo espiritual y familiar de los niños, adolescentes, jóvenes, adultos y adultos mayores. Su función se lleva a cabo por medio  de la Escuela Dominical, el Grupo de Alabanza y Adoración, el Discipulado, el Grupo de Intercesión, el Seminario Bíblico, el Departamento de Parejas, el Ministerio de Jóvenes y los Grupos Familiares. El desarrollo de la misión tiene un impacto en la comunidad a nivel local y distrital.